Południowa granica mezoregionu jest jednocześnie granicą Pojezierza Mazurskiego i w ogóle pasu polskich pojezierzy i obszaru młodoglacjalnego wyznaczonego przez zasięg zlodowacenia północnopolskiego. Wschodnia zaś jest granicą między Pojezierzem Mazurskim w ścisłym znaczeniu a Pojezierzem Litewskim (zwanym w polskich granicach Suwalskim).
Północna i centralna część Pojezierza Ełckiego włączana jest do tzw. Mazur Garbatych. Jest to obszar pagórkowaty z kilkoma dużymi jeziorami i kompleksami leśnymi. Największe jeziora mezoregionu to Łaśmiady, Łaźno, Jezioro Rajgrodzkie, Selmęt Wielki. Przez centrum obszaru przepływa z północnego zachodu na południowy wschód Ełk, a mniej więcej równolegle do niego Wissa i Lega. Wpadają one do Biebrzy na południowy wschód od pojezierza. Na terenie mezoregionu wyznaczono trzy obszar mające znaczenie dla Wspólnoty: Ostoja Borecka (PLH280016), Murawy na Pojezierzu Ełckim (PLH280041) i Jezioro Woszczelskie (PLH280034) oraz obszar specjalnej ochrony ptaków Puszcza Borecka (PLB280006).