Miasto otrzymało nazwę od rodu Miskóc. Jako pierwszy, posługując się tą nazwą, wymienia je Anonymus w swoim dziele Gesta Hungarorum około 1173 roku („que nunc uocatur miscoucy”). Ród Miskóc był odgałęzieniem rodu Bors, od którego pochodzi nazwa komitatu Borsod, a który w 1312 stracił ziemię, ponieważ stanął po stronie Mateusza Csáka a przeciw Karolowi Robertowi. Król podarował posiadłość rodzinie Széchy, która po raz pierwszy zdobyła dla Miszkolca prawo do sądów oraz targów.
Ludwik Węgierski wyniósł Miszkolc do rangi miasta – oppidium – uznał za miasto rolnicze (mezőváros), z zagwarantowaniem praw do wyboru sądów oraz spisywania testamentów – w 1365 roku, mniej więcej w tym samym czasie, kiedy odnowił pobliski Diósgyőr. Król zarazem dołączył miasto do korony, która do 1848 roku była własnością króla. Miejscowość zaczęła się szybko rozwijać, na końcu XV wieku miała już 2000 mieszkańców, jednak podczas okupacji tureckiej rozwój zwolnił tempo. W 1544 roku Turcy podpalili miasto i zmusili je do hołdowania. Turcy nakładali podatek na Miszkolc całkowicie do 1687 roku – do wyzwolenia, choć zamek Diósgyőr udało się odbić już w 1674 roku. Miasto w tym okresie stało się ważnym środkiem wytwórstwa wina i na końcu XVII w. działało już 13 cechów.