W 1909 roku majątek w Prusach zakupiła Fundacja Piotra Michałowskiego opiekująca się sierotami i chłopcami z ubogich rodzin. Zbudowała ona w latach 30. XX wieku budynek w którym działała szkoła z internatem dla wychowanków. Po przejęciu w 1917 roku opieki nad zakładem działającym w Krakowie przez biskupa krakowskiego zmieniono nazwę na Zakład św. Józefa Fundacji Piotra Michałowskiego, a w 1921 roku wszystkich wychowanków przeniesiono do Prus. W budynku przy ulicy Karmelickiej pozostały biura fundacji, sklep i mieszkania dla 20 wychowanków.
Od 1925 roku do sierpnia 1940 roku zakład prowadzili księża michaelici, potem do 1942 sercanie, następnie salezjanie. W 1942 roku Niemcy przekształcili go w Dom Poprawy. W październiku 1945 roku abp Adam Sapieha przekazał zakład w zarząd Caritasowi. W latach 1945–1948 w Prusach działały szkoły: średnia ogólnonarodowa i ogrodnicza, a w latach 1948–1949 średnia zawodowa z wydziałem ogrodniczym i krawieckim oraz sierociniec.