Historia Wieś została założona w głębi puszczy pojaćwieskiej w początkach XVI wieku i początkowo nosiła nazwę Dowspuda, podobnie jak rzeka przy której ją umiejscowiono. Powstała w dobrach braci Stanisława i Mikołaja Michnowiczów Raczkowiczów, nadanych im przez Zygmunta I Starego w 1514. Od ich nazwiska pochodzi nazwa miejscowości. Liczne publikacje błędnie podają, że istniało miasto Raczki w XVI wieku, co wynika z nieporozumienia badawczego. W XVI i większej części XVII wieku Raczki były wsią, położoną przy trakcie handlowym z Grodna do Prus. W 1599 roku założono parafię i zbudowano kościółOpisy parafii dekanatu Olwita z 1784 roku, Suwałki 2013, s. 27-28..
W 1682 Raczki otrzymały od Jana III Sobieskiego przywilej urządzania cotygodniowego targu i dwóch jarmarków rocznie. Po raz pierwszy określono je miasteczkiem. Istnieje też pogląd, że w 1703 roku Raczki stały się miasteczkiem.