Kolejnej gruntownej przebudowy kościoła w stylu neoklasycznym dokonał Henryk Marconi w latach 1823–24.
Wyposażeniem i zdobnictwem wnętrz zajmował się zespół tych samych artystów włoskich, którzy pracowali przy pałacu Paca w Dowspudzie. Ściany i sklepienia pokryto polichromią. Poza ołtarzem głównym w kościele znajdowało się 8 ołtarzy bocznych, po 4 z każdej strony. Wszystkie były wyposażone w rzeźby i obrazy. Pod koniec XIX wieku kościół w Raczkach otrzymał od przebywającego wtedy na Suwalszczyźnie Wojciecha Gersona dwa obrazy: jeden przedstawiał św. Franciszka, drugi – Madonnę z Dzieciątkiem.
W latach 1933–34 dobudowano dwie nawy boczne, co zmieniło całkowicie bryłę kościoła i zubożyło jego wnętrze. Zmniejszono do czterech liczbę ołtarzy. W oknach prezbiterium umieszczono kolorowe witraże, z których jeden przedstawiał Ludwika Paca w mundurze generała wojsk polskich. Podczas II wojny światowej witraże zostały zniszczone, podobnie jak rotunda stanowiąca dzwonnicę.