Dzięki dobrym występom Vlaara w AZ Alkmaar klub zaproponował mu nowy kontrakt – wreszcie zawodowy, gdyż Vlaar dalej był związany z AZ kontraktem juniorskim. Jednak Vlaarem był zainteresowane również lepsze kluby z Ajaksem Amsterdam, Tottenhamem Hotspur i Feyenoordem na czele. W końcu Vlaar przeniósł się w styczniu 2006 do klubu z Rotterdamu, gdzie w wywalczeniu na stałe miejsce w składzie wciąż przeszkadzały mu kontuzje. Dopiero w sezonie 2009/2010 Vlaar rozegrał w lidze 32 mecze i powrócił do reprezentacji.
1 sierpnia 2012 roku podpisał trzyletni kontrakt z Aston Villą. „Lwy” zapłaciły za niego 3,2 mln funtów. W 2015 wrócił do AZ. W 2021 roku zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2004/05 AZ Alkmaar
Eredivisie 3 0 2005/06 7 0 2005/06 Feyenoord Rotterdam 16 0 2006/07 20 1 2007/08 4 1 2008/09 0 0 2009/10 32 4 2010/11 26 2 2011/12 34 0 2012/13 Aston Villa
Premier League 27 2 2013/14 32 0 2014/15 20 0 2015/16 AZ Alkmaar
Eredivisie 17 1 2016/17 20 0 2017/18 12 0 2018/19 28 2 2019/20