Pierwszy gubernator generalny Brazylii, Tomé de Sousa przybył do Bahia w 1549 roku i w tym samym roku założył miasto Salvador, które zyskało status stolicy całej kolonii i funkcjonowało w tym charakterze do 1763 roku, kiedy to stolica została przeniesiona do Rio de Janeiro.
Okres kolonialny to także czas rozkwitu plantacji trzciny cukrowej. Portugalia przeniosła do Brazylii rozwiązanie stosowane na wyspach atlantyckich – Azorach i Wyspie św. Tomasza. Przyjmuje się, że produkcja cukru zaczęła się w Brazylii w 1533 roku, a pierwszych czarnych niewolników z Afryki do pracy na plantacjach zaczęto sprowadzać w połowie XVI wieku. Do tego czasu przekonano się, że Indianie nie mogą być wykorzystywani do tej pracy, poza tym Indian bronili obecni w kolonii misjonarze. Pod koniec XVI wieku w Brazylii było ponad 100 plantacji trzciny cukrowej, z czego prawie wszystkie w Bahia i Pernambuco. W pierwszym okresie sprowadzano niewolników głównie z regionu Zatoki Gwinejskiej, a następnie z Angoli i Konga. Szacuje się, że w sumie do Brazylii sprowadzono ok. 3,6 mln niewolników, z czego ponad milion trafiło do stanu Bahia.