Po wygranych przez PO wyborach, w powstałym rządzie premiera Donalda Tuska, stanowisko wiceministra zdrowia objął jeden z głównych negocjatorów Porozumienia Zielonogórskiego, Marek Twardowski. Objęcie teki wiceministra zdrowia przez jednego z liderów PZ spotkało się ze sprzeciwem części przedstawicieli Federacji, w tym inicjatorów powstania Porozumienia Zielonogórskiego – m.in. Elżbiety Tomiak, Roberta Sapy i Janusza Tylewicza. W wyniku zmiany kierunku działania organizacji, zostali oni najpierw odsunięci od głównego nurtu podejmowania decyzji, a następnie opuścili szeregi PZ.
Lata 2008–2011 W 2008 do Porozumienia Zielonogórskiego przystępuje Porozumienie Łódzkie – związek pracodawców ochrony zdrowia działający na terenie województwa łódzkiego. Tym samym zasięg działalności PZ obejmuje 15 z 16 województw.