Działalność powojenna Ramotowski powrócił w marcu 1945 r. do Janczewa i po krótkiej rekonwalescencji włączył się w działalność konspiracyjną w ramach AKO, a później WiN. We wrześniu 1946 roku został mianowany zastępcą prezesa Obwodu Łomżyńskiego WiN, Kazimierza Jesionkowskiego, osiągnął stopień porucznika czasów wojny i został odznaczony Brązowym i Złotym Krzyżem Zasługi z Mieczami. Oficjalnie pracował w tym czasie jako nauczyciel. W marcu 1947 roku zakończył podziemną walkę zbrojną i ujawnił się wraz z podległymi mu żołnierzami. Na początku 1951 roku, zagrożony aresztowaniem, wrócił do podziemia. Latem 1952 roku dołączył do oddziału „Bruzdy” i przebywał wraz z nim w bazie na bagnach biebrzańskich. W sierpniu 1952 miejsce jego ukrycia zostało zdekonspirowane, a on sam aresztowany. W trakcie strzelaniny, która wywiązała się wówczas między członkami podziemia a grupą operacyjną KBW i UB, Ramotowski został ranny w nogę, a ukrywający się wraz z nim Stanisław Cieślewski „Lipiec” zginął. Oprócz nich zostali ciężko ranni, a następnie zmarli w szpitalu dwaj mieszkańcy Grądów Małych. We wrześniu 1953 roku Wojskowy Sąd Rejonowy w Białymstoku skazał Ramotowskiego na siedem lat więzienia. W maju 1955 został on przedterminowo zwolniony, po rewizji procesu na fali zbliżającej się „odwilży”.