W 1581 roku wieś, która była wówczas własnością księcia Ostrogskiego liczyła 66 kmieci gospodarujących na 33 łanach roli i 6 zagród z rolą. Poza tym sołtys miał 2 łany ziemi i 9 zagród. We wsi mieszkało 57 komorników oraz 7 rzemieślników. Miejscowość graniczyła na zachodzie z Gumniskami i Zawadą, na południu z Łękawicą i Szynwałdem, na wschodzie z Pogórską Wolą, a na północy z Rzędzinem. Wieś zawsze była częścią dóbr panów Tarnowa.
Po I wojnie światowej Skrzyszów stał się siedzibą samorządu gminnego. W 1934 roku wieś weszła w skład gminy zbiorowej Gumniska. W 1937 roku miejscowi działacze ludowi zorganizowali strajk chłopski oraz manifestacje w Skrzyszowie i Tarnowie.
W czasie II wojny światowej, od marca do lipca 1941 roku, w lesie Kruk na stoku Góry św. Marcina niemieccy naziści zamordowali ok. 400 osób. W latach 1958–1959 wybudowano na tym miejscu pomnik projektu tarnowskich artystów Bogdany i Anatola Drwalów.
1 stycznia 1973 roku Skrzyszów stał się siedzibą władz gminy. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie tarnowskim.
Zabytki Obiekt wpisany do rejestru zabytków nieruchomych województwa małopolskiego. Kościół św.