W 1210 roku zorganizował klasztor dla Klary z Asyżu, gdzie powstał klauzurowy zakon klarysek. Po obradach IV soboru laterańskiego zaczął kształtować się Zakon Braci Mniejszych. W 1218 roku Franciszek udał się do Egiptu, gdzie spotkał się z sułtanem Al-Kamilem, usiłując przekonać go do porzucenia islamu i przejścia na chrześcijaństwo. Po powrocie do Asyżu zrezygnował z kierowania zakonem i skupił się na pisaniu reguły zakonnej, która została zatwierdzona w 1223 roku. Wkrótce potem stan jego zdrowia zaczął się pogarszać – przewlekła choroba oczu i długotrwałe gorączki zmusiły go do powrotu do Porcjunkuli, gdzie zmarł.
Życiorys Dzieciństwo i młodość Franciszek urodził się w 1181 albo 1182 roku w Asyżu jako Giovanni Bernardone (imię wybrane przez matkę). Został ochrzczony 28 marca 1182 roku. Jego ojciec, Pietro Bernardone, po powrocie z Francji zmienił synowi imię na Francesco. Zmiana była spowodowana uwielbieniem Pietra dla Francji (w ówczesnym języku włoskim słowo Francesco oznaczało Francuz). Bernardone był bogatym kupcem, zajmującym się handlem drogimi tkaninami. Zmarł najprawdopodobniej przed rokiem 1215. Matką Franciszka była Pika (imię to bywa kwestionowane), która miała rzekomo pochodzić z Prowansji. Zmarła prawdopodobnie przed 1211 rokiem.