W samym centrum Stonehenge znajduje się tzw. Altar Stone – dziś przewrócony.
Ponadto, wewnątrz kredowych wałów, archeologiczne badania wykazały istnienie tzw. Aubrey Holes, czyli 56 jam o średnicy 2 m i głębokości około metra. , w swoim artykule „A Neolithic Computer” (dla Nature, 27 stycznia 1964), postawił tezę mówiącą, jakoby Aubrey Holes były używane jako specyficzny komputer do przewidywania zaćmień Słońca i Księżyca, lecz teoria ta w krótkim czasie została obalona. Jamy prawdopodobnie są śladem po dodatkowej, drewnianej konstrukcji otaczającej kamienne kręgi.
Na obszarze stanowiska – na zewnątrz pierścienia Sarsenów – znaleziono również dwa pierścienie mniejszych jam, nazwanych kolejno X i Y, w liczbie 30 i 29. Zwraca uwagę to, że liczba otworów odpowiada średniej ilości dni w miesiącu synodycznym.
Oś podkowy wyznacza kierunek, z którego wschodzi Słońce w najdłuższym dniu w roku, podczas letniego przesilenia. Sanktuarium wzniesione jest z dwóch rodzajów kamienia. Największe, bloki sarsenu (piaskowca twardszego niż granit) pochodzą z okolic (około 30 km na północ od Stonehenge), natomiast mniejsze, błękitne skały (przypominające gabro lub labradoryt) – z Pembrokeshire w Walii, położonego około 250 km od budowli.