W październiku 1561 roku Jacques de Savoie, książę Nemours próbował nakłonić dziesięciolatka do ucieczki do zamku Saint-Germain-en-Laye, na dwór lotaryński jego siostry Klaudii. Rozmowę podsłuchały jednak dwórki Katarzyny. Królowa-matka udaremniła te zabiegi. Aleksander został przesłuchany przed Radą Królewską. Upokorzony chłopak wywarł całą swą złość na katolicyzmie. Wspomagany przez królewskiego brata biegał po zamku przebrany za kardynała, przedrzeźniał obrzędy, wyśmiewał się z figur świętych, a siostrze palił książeczki do nabożeństwa.
Katarzyna wydała w styczniu 1562 edykt tolerancyjny, który zezwalał na prywatne odprawianie protestanckich obrzędów. Franciszek Gwizjusz odpowiedział egzekucją protestantów w Wassy, którzy wbrew prawu odprawiali nabożeństwo publiczne. Przeciw Gwizjuszom wystąpił Kondeusz. Królowa z Fontainebleau na próżno wzywała go, by udzielił jej oparcia. Pierwsi zjawili się Gwizjusze, którzy wymogli na niej kapitulację. 19 października pod Dreux siły protestanckie, dowodzone przez księcia Kondeusza, poniosły klęskę, a on sam dostał się do niewoli. Antoni Burbon zginął podczas oblężenia Hawru, a Franciszek Gwizjusz z ręki skrytobójcy. Oswobodzona spod wpływu wielkich panów Katarzyna wydała w marcu 1563 roku edykt kończący I wojnę religijną.