W 1585 r. miała miejsce epidemia nieznanej choroby, od której zmarło 947 osób (liczba ta obejmuje przypuszczalnie również okoliczne wsie i miejscowości). 7 września 1652 r. przy ul. Czanieckiej (obecna Kościuszki) wybuchł pożar, który zniszczył kilkanaście domów.
W 1609 r. doszło do tzw. wojny kęckiej, toczonej przez starostów: Komorowskiego z Oświęcimia i Podlaskiego z Zatora. Przedmiotem sporu było kilka wsi na granicy Żywiecczyzny, które Komorowski, nie szanujący prawa hulaka i awanturnik, chciał zabrać dla siebie. 10 listopada 1609 r. doszło pod Kętami do bitwy, wygranej przez starostę zatorskiego. Pokonany Komorowski stracił 80 ludzihttps://sztetl.org.pl/pl/miejscowosci/k/507-kety/96-historia-miejscowosci/67101-historia-miejscowosci.
W 1655 r. miasto padło łupem Szwedów najeżdżających Rzeczpospolitą – wojska szwedzkie złupiły je i poważnie zniszczyły. 25 listopada 1657 r. wybuchł kolejny pożar, tym razem większy, w wyniku którego zniszczone zostały domy przy Rynku i kościół parafialny. W wyniku tych klęsk szlachecki sejmik zatorski prosił króla o zwolnienie mieszczan kęckich z podatków w celu umożliwienia odbudowy, którą rozpoczęto zaraz po ostatnim pożarze.
thumb|Miejsce obozu wojsk króla Jana III Sobieskiego na pocztówce z 1883 r. (sam Sobieski przez Kęty nie jechał) thumb|Klasztor Franciszkanów