Kolejna powieść – Cryptonomicon (1999) – również odniosła ogromny sukces. Narracja książki prowadzona jest jednocześnie w trakcie II wojny światowej oraz współcześnie, a niebagatelną rolę odgrywają w niej szyfry i kryptografia. W 2003 roku Stephenson wydał powieść Żywe srebro (Quicksilver), będącą pierwszym tomem trzyczęściowego Cyklu barokowego. Kolejne części to Zamęt (The Confusion) (2004) i Ustrój świata (The System of the World) (2004). W 2008 roku wydał powieść (Anathem), za którą otrzymał Nagrodę Locusa. Jego późniejszymi powieściami są wydana w 2011 oraz z 2015.
Jest współzałożycielem powstałej w 2010 społecznościowej platformy publikacyjnej Subutai, która jest w zamierzeniu nową formą tworzenia i udostępniania tekstów w mediach elektronicznych. Pierwszym projektem zaprezentowanym na Subutai jest powieść Stephensona The Mongoliad.