31 lipca 1944 o 8.45 wystartował P-38 do dziewiątego lotu bojowego z zadaniem wykonania zdjęć zgrupowania niemieckich wojsk koło Lyonu, z którego już nie powrócił.
Tajemnica śmierci Przez wiele lat dokładny los samolotu Antoine’a de Saint-Exupéry’ego nie był znany, krążyły też różne hipotezy co do przyczyny jego śmierci, włączając w to samobójstwo. W 1998 rybak wyłowił z Morza Śródziemnego w okolicy Marsylii bransoletkę należącą do pisarza, aczkolwiek podejrzewano fałszerstwo. W 2003 jednak odnaleziono na dnie morza części jego samolotu, zidentyfikowane w 2004 dzięki zachowanym numerom seryjnym. Przekazano je następnie w charakterze eksponatów do Muzeum Lotnictwa i Astronautyki Le Bourget. Jego maszyna zatonęła w pobliżu wysp Frioul, niedaleko Marsylii. Najprawdopodobniej została zestrzelona przez niemiecki myśliwiec Fw 190 A-8 pilotowany przez Roberta Heichelle, który zgłaszał zestrzelenie atakującego go Lightninga z francuskimi znakami w dniu 31 lipca ok. godz. 12:06. Do zestrzelenia Saint-Exupéry’ego przyznał się też w książce Saint-Exupéry: Ostatnia tajemnica (autorzy: Jacques Pradel i Luc Vanrell) niemiecki pilot Horst Rippert.