W 1827 w 11 domach mieszkało 89 osób, ponadto była tu Strażnica leśnictwa rządowego Lipno.
W 1863 w okresie powstania styczniowego w okolicach wsi doszło do kilku potyczek oddziałów powstańczych z oddziałami rosyjskimi. Część poległych powstańców została pochowana na szczutowskim cmentarzu.
W 1864 przeprowadzono uwłaszczenie, na mocy którego chłopi uzyskali prawo własności ziemi. W efekcie w 1890 Szczutowo jest określane jako wieś włościańska z 21 domami i 169 mieszkańcami, należąca do parafii Gójsk. Wieś posiadała wtedy kościół filialny, urząd gminy, szkołę początkową i wiatrak.
XX wiek Zgodnie z mapą z 1915 we wsi były 22 nieruchomości oraz kościół i cmentarz.
Według spisu powszechnego z 1921 w Szczutowie było 38 budynków i 254 mieszkańców. Wszyscy mieszkańcy deklarowali się jako Polacy wyznania rzymskokatolickiego.
We wsi od 1937 znajdowała się stacja kolejowa na odcinku linii kolejowej nr 33 od Sierpca do Brodnicy. Ruch pociągów pasażerskim na tym odcinku został zawieszony 3 kwietnia 2000.
Nieopodal wsi znajdowała się leśniczówka. W czasie II wojny światowej w leśniczówce mieszkali żołnierze niemieccy.