Bagna i jeziora są naturalnymi zbiornikami wodnymi gromadzącymi wody wtedy, gdy jest ich nadmiar, i oddającymi je w okresach bezopadowych. Regulują więc przepływ rzek i wyrównują go w czasie. Zapobiegają ponadto powodziom i nadmiernemu obniżeniu stanu wód w okresach suszy, co podnosi znaczenie rzek z nich wypływających. Duża powierzchnia wodna sprawia, że klimat pojezierzy jest wilgotniejszy niż na obszarach z nim sąsiadujących. Tworzą one swoiste ekosystemy z bogatą florą i fauną wodną.
Strefy jezior 250px|thumb|strefy jeziora: A) strefa przybrzeżna, G) strefa pelagiczna, H) strefa profundalna, I, J) strefa denna Warunki ekologiczne panujące w jeziorach są bardzo zróżnicowane, co związane jest z istnieniem charakterystycznych stref i warstw w obrębie jeziora. Wyróżnia się: strefę litoralną – jest to strefa wody płytkiej, prześwietlonej do samego dna; litoral, zwłaszcza w jego płytkiej części, jest najbardziej zmienny ze środowisk jeziornych.