Pierwszy powstał w XIII w. po utworzeniu parafii przez Bolesława Wstydliwego. Prawdopodobnie był drewniany, nie wiadomo jednak jak wyglądał, nie zachowały się żadne jego opisy. Jan Długosz w XV w. wzmiankuje o kościele w Trzcianie, był to jednak prawdopodobnie już drugi drewniany kościółek. Z akt wizytacyjnych z XVI w. dowiadujemy się, że w Trzcianie istniał już murowany kościół i szkoła parafialna. Spalony podczas potopu szwedzkiego kościół odbudowano i poświęcono w 1657, jednak w owych trudnych dla Rzeczypospolitej czasach aż do XIX w. nie odzyskał dawnej świetności, pomimo remontu w 1857 roku. W 1816 przeszedł pod zarząd diecezji katolickiej.
W latach 1905–1907 dokonano pierwszej rozbudowy kościoła pod wezwaniem św. Małgorzaty w Trzcianie. Projektant Jan Karol Sas Zubrzycki planował rozbudowę kościoła od strony wschodniej, południowej i północnej, jednak nie udało się zrealizować tych planów, dobudowano jedynie południową nawę boczną. W latach 1953–1956 dobudowano część zachodnią zaprojektowaną przez mgr inż. Stefana Świszczowskiego, zaprojektowanej przez niego wieży nie udało się już wybudować, gdyż prowadzoną bez zezwolenia ówczesnych komunistycznych władz budowę wstrzymano. Przez długi czas nie pozwolono nawet przykryć dachem rozpoczętej budowy, wskutek czego podczas deszczu do kościoła wlewała się woda.