8 tysięcy woluminów zostało zabranych do Uniwersytetu Bałtyckiego.

Już w 1957 roku Prezydium Miejskiej Rady Narodowej wystąpiło o zwrot książek dotyczących historii miasta i regionu. W latach 1960–1963 do zbiorów Miejskiej Biblioteki Publicznej wróciły 1442 woluminy. O rewindykację zbiorów występowała MBP w 1970 roku, ale dopiero 27 października 1994 roku umowa z UMK została wypowiedziana. decyzję ta potwierdziła w 1997 roku Rada Elbląga domagając się powrotu zbiorów w 2000 roku. 28 września 1998 roku podpisano umowę z UMK w sprawie przechowywania zbiorów do 31 grudnia 2000 roku. Ustalono, że najpierw zostaną zwrócone druki zwarte, następnie czasopisma i gazety, a na końcu zbiory specjalne i inne. W latach 2000–2002 zbiory powróciły do Elbląga.

Biblioteka posiada bogate zbiory z wielu dziedzin, m.in. archeologii, geografii, dziennikarstwa, paleontologii, języków obcych, fizyki i mikrobiologii.