Wraz z wejściem w życie zarządzenia nr 5/2009 Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy z dnia 1 kwietnia 2009 r. w sprawie rezerwatu przyrody „Nadgoplański Park Tysiąclecia” (Dz. Urz. Woj. Kujawsko-Pomorskiego z 2009 r. Nr 35 poz. 773), rozporządzenie z 1967 r. tworzące rezerwat przyrody utraciło moc. Według zarządzenia 5/2009 powierzchnia rezerwatu (wyłącznie w województwie kujawsko-pomorskim) wynosiła 1882,65 ha. Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy z dnia 14 kwietnia 2014 r. zwiększono powierzchnię rezerwatu do 1988,61 ha.
Park krajobrazowy Zgodnie z rozporządzeniem wojewody bydgoskiego nr 252 z 10 grudnia 1992 r. (zm. rozporządzeniem nr 29 z 31 sierpnia 1998 r.) utworzono park krajobrazowy (nr 81) pod taką samą nazwą na powierzchni 8898 ha (w rezultacie czego na terenie rezerwatu powstał obszar chroniony, częściowo funkcjonujący jako park krajobrazowy, a częściowo jako rezerwat przyrody). Rozporządzenie nr 38 wojewody kujawsko-pomorskiego z 8 maja 2002 r. w sprawie Nadgoplańskiego Parku Tysiąclecia mówi o celach, położeniu, powierzchni parku krajobrazowego pod nazwą „Nadgoplański Park Tysiąclecia”, powołanej jako jednostka budżetowa. Powierzchnia parku według tego rozporządzenia wynosi 9982,71 ha. Rozporządzeniem nr 159 z 22 maja 2001 r. i nr 160 z 22 maja 2002 r.