W 1990 został powołany na stanowisko prokuratora rejonowego w Krośnie. W latach 1992–1995 kierował międzyrejonowym działem śledztw w Krośnie, służącemu do prowadzenia najpoważniejszych postępowań na obszarze województwa krośnieńskiego. W 1992 powołano go na stanowisko prokuratora Prokuratury Wojewódzkiej w Rzeszowie. Od 1994 do 2002 zasiadał w Sądzie Dyscyplinarnym dla Prokuratorów przy Prokuraturze Generalnej. Zdobył rozgłos medialny, ogłaszając w 2001 na konferencji prasowej powody umorzenia śledztwa w sprawie molestowania małoletnich przez proboszcza parafii w Tylawie, Michała Moskwy. Sprawę księdza z Tylawy prowadził prokurator Sławomir Merkwa, a Stanisław Piotrowicz był wtedy szefem jednostki i jego zadaniem było nadzorowanie wszystkich prokuratorów. Na konferencji prasowej w 2001, posługiwać się miał uzasadnieniem o umorzeniu śledztwa prokuratora prowadzącego tę sprawę i stanąć w obronie jego ustaleń. W obszernej wypowiedzi dla prasy w listopadzie 2001 Piotrowicz, omawiając umorzenie, stwierdził m.in.: Nie zdecydowałem się na postawienie księdzu zarzutu. Później decyzja o umorzeniu postępowania została uchylona przez prokuratora Prokuratury Okręgowej w Krośnie, a w 2004 duchowny został prawomocnie skazanyW czerwcu 2004 skazany nieprawomocnym wyrokiem. .