Po stronie północnej molasa powstała w miocenie i pliocenie, a po stronie południowej – w eocenie, oligocenie i miocenie.
Pierwsze ruchy tektoniczne orogenezy alpejskiej na obszarze Pirenejów nastąpiły w fazie starokimeryjskiej, trwały pod koniec kredy, a główne ich nasilenie przypadło na środkowy i górny eocen. Fałdowanie nastąpiło równocześnie z obrotem Mesety Iberyjskiej o około 35° w kierunku przeciwnym do wskazówek zegara i powstaniem (otwarciem) Zatoki Biskajskiej oraz zbliżeniem się Półwyspu Iberyjskiego do Afryki.
Wypiętrzenie Pirenejów jako łańcucha górskiego nastąpiło w neogenie.
Szczyty Najwyższe szczyty: Aneto – 3404 m, Mont Posets – 3375 m, Mont Perdu – 3355 m, Pico Maldito – 3350 m, Pico Espadas – 3332 m, Cilindro de Marboré – 3328 m, Pico de la Maladeta – 3309 m, Vignemale – 3298 m, Clot de la Hount – 3289 m, Soum de Ramond – 3259 m, Pic de la Munia – 3133 m.
Najwyższe szczyty poszczególnych części Pirenejów: Pireneje Zachodnie – Bisaurín (2670 m), Pireneje Centralne – Aneto (3404 m), Pireneje Wschodnie – Pica d'Estats (3140 m).