Uzyskany wzrost wydajności jest wysoce uzależniony od użytego oprogramowania, jakkolwiek w przypadku uruchomienia dwóch programów wymagających całkowitej mocy obliczeniowej procesora w chwili obecnej obserwuje się, że oba lub jeden z nich wykonuje się nieco wolniej w przypadku, gdy technologia HT została włączona. Jest to spowodowane działaniem replay system procesora Pentium 4, które wiąże cenne jednostki wykonawcze, wyrównując dostępne zasoby procesora pomiędzy dwa wykonujące się programy, co skutkuje wydłużeniem całkowitego czasu wykonania programów w różnym stopniu. (Procesor Pentium 4 z jądrem Prescott uzyskał replay queue, która redukuje czas wykonania niezbędny dla działania systemu replay, co jest wystarczające, aby zniwelować ten problem wydajnościowy).
Zwrot w historii W chwili, gdy Intel Pentium 4 3,06 GHz HT wszedł do użycia, dla niektórych programistów specyficznych aplikacji problemem było podjęcie decyzji czy zaimplementować obsługę nowej technologii w swoich programach., ponieważ niektórzy z nich wciąż testowali swoje programy przy użyciu systemów operacyjnych, które nie były optymalizowane do obsługi technologii Hyper-threading (np.