Do końca sezonu Mariusz startował tylko w MDMP i eliminacjach Srebrnego Kasku, w których to zajął 15. miejsce i nie awansował do finału.
W pierwszych latach kariery Puszakowskiego w drużynie Apatora Toruń pierwszymi juniorami byli Robert Kościecha, Remigiusz Wronkowski, Marcin Kowalik, później też Tomasz Chrzanowski, przez co Puszakowski na torze pojawiał się stosunkowo rzadko.
W kolejnym sezonie Puszakowski pojawił się w 8 meczach I ligi. Najczęściej jechał w 2–3 biegach i zdobywał 1–2 punkty, walkę o miejsce w składzie przegrywał z Robertem Kościechą i Tomaszem Chrzanowskim. 29 maja 1998 Puszakowski wygrał pierwszy w karierze wyścig i zdobył pierwszy komplet punktów. Miało to miejsce w rozgrywkach o Młodzieżowe Drużynowe Mistrzostwo Polski, w których startował już regularnie. W tym roku Mariusz zadebiutował w MMPPK startując w półfinale, Apator jednak odpadł.