W trakcie irackiego rekonesansu Skrzypczaka zaniepokoiły pieniądze. Amerykanie przekazywali polskim wojskowym duże, liczone w dziesiątkach milionów dolarów pieniądze na odbudowę Iraku. System był jednak źle zorganizowany. Nikt nie weryfikował, co powstało za te pieniądze. W ciągu jednej nocy kasa potrafiła zostać uszczuplona o 90 tysięcy dolarów. Po powrocie do Polski Skrzypczak wezwał dwóch zaufanych oficerów i prawnika. Zdecydowali, że na ich czwartej zmianie powstaną dwie niezależne komisje. Jedna do przygotowywania projektów infrastrukturalnych, druga do organizowania przetargów dla irakijskich wykonawców.
Dwa tygodnie później w Iraku wybuchła afera bakszyszowa, a zamieszani w nią byli żołnierze, których za kilka miesięcy mieli wymienić podwładni Skrzypczaka. W sprawę zamieszanych było 14 osób – 9 oficerów i podoficerów oraz 5 pracowników cywilnych. Grupa ta przyjęła od irackich firm prawie 800 tysięcy dolarów. Iraccy przedsiębiorcy mieli w zamian otrzymać lukratywne kontrakty na odbudowę kraju. Sprawa zakończyła się wyrokami dla czternastu wojskowych, ale wyżsi rangą wojskowi, w tym dowódcy drugiej oraz trzeciej zmiany PKW Irak, za nią nie odpowiedzieli, choć Żandarmeria Wojskowa wnioskowała o postawienie im zarzutów.