Zaliczył także kurs operacyjno-taktyczny w Akademii Obrony Narodowej.
Podyplomowe Studium w AON i Dowództwo Wojsk Lądowych Po 3,5-letniej służbie w 1 Warszawskiej Dywizji w październiku 1996 Waldemar Skrzypczak wrócił do uczelni w Rembertowie, która zdążyła zmienić nazwę na Akademię Obrony Narodowej. Pułkownik przyjechał na 10-miesięczne Podyplomowe Studium Operacyjno-Strategiczne, czyli na tzw. kurs generalski. Dwudziestu czterech słuchaczy zostało podzielonych na dwa korpusy. Skrzypczak, mimo że był najmłodszy z grupy, został dowódcą jednego z nich.
Po skończeniu kursu Skrzypczak został zastępcą szefa szkolenia bojowego w formującym się Dowództwie Wojsk Lądowych. W 1998 r. poleciał do Londynu uzgadniać z Brytyjczykami wspólne ćwiczenia z wykorzystaniem samolotów transportowych Hercules. 19 września 1998 na poligon w Drawsku nadleciało na niskim pułapie 18 herculesów. Z bocznych drzwi wysypały się setki desantowców. Ćwiczenia zakończono sukcesem. Niedługo po tym zdarzeniu dowódca Wojsk Lądowych, generał Zbigniew Zalewski, zaproponował Skrzypczakowi stanowisko dowódcy 16 Dywizji Zmechanizowanej w Elblągu. Pułkownik przyjął propozycję.