Dowództwo Wojsk Lądowych i Sztab Generalny WP W 2001 roku Skrzypczak przeniósł się do Warszawy, gdzie ściągnął go nowy dowódca Wojsk Lądowych, generał Edward Pietrzyk. Obaj znali się i cenili, dlatego Skrzypczak chętnie przyjął propozycję, by zostać szefem Wojsk Pancernych w Dowództwie Wojsk Lądowych pod komendą Pietrzyka. W Dowództwie Wojsk Lądowych młody generał odsłużył ledwie kilka miesięcy. Pod koniec 2001 roku Skrzypczak rozpoczął pracę w Sztabie Generalnym pod komendą generała Czesława Piątasa. Zajmował się tam m.in. opracowaniem hierarchii doktryn NATO i wdrażaniem ich w polskiej armii.
W 2002 roku generał Edward Pietrzyk zaproponował Skrzypczakowi powrót do Dowództwa Wojsk Lądowych na stanowisko szefa Zarządu Operacji Lądowych (G-3), na co ten się zgodził. Na nowym stanowisku znów odpowiadał za operacje wojskowe, w tym – jak się wkrótce okazało – przygotowanie do wejścia do Iraku. Decyzja polityczna o wysłaniu wojska zapadła w maju 2003 roku. Do Iraku wybrało się 2500 polskich żołnierzy pod dowództwem generała Andrzeja Tyszkiewicza. Skrzypczak był odpowiedzialny za przygotowanie, przerzut i rotację I i II zmiany PKW Irak.