Nazwa Nazwa wsi związana jest z dwiema legendami na jej temat: W VI wieku w okolice Szczyrzyca skierowano 125 rodzin, aby je osiedlić. Rodzina Wilków wybrała żyzną dolinę Owsianki, gdzie później powstała wieś, nazwana od pierwszych osadników WilkowiskiemP. Skoczek, „Parafie...”, s. 62.. Podobno wieś nazwano Wilkowiskiem dla upamiętnienia tragicznego losu kupców, którzy zanocowali w tej okolicy jadąc do Szczyrzyca. Zostali oni zaatakowani i rozszarpani przez watahę wilków.
Historia Wieś Wilkowisko powstała w średniowieczu – według miejscowych legend w VI wieku. Podobno osiedlić się miała wówczas w tej okolicy rodzina Wilków, przysłana tu wraz z innymi rodzinami w celu zasiedlenia okolic Szczyrzyca. Pierwsza pisemna wzmianka o miejscowości pochodzi z 1324, kiedy to król Władysław Łokietek oddał wieś i jej mieszkańców we władanie Piotrowi Kunickiemu. Jednocześnie zezwolił na dalsze osiedlanie na prawie niemieckim.
Parafia w Wilkowisku powstała w 1328, a pierwszy kościół (opisany przez Jana Długosza) powstał w latach 1337–1338. Do obecnych czasów budynków było kilka, a każdy kolejny niszczony był przez pożary.