W 1925 prezydent RP Stanisław Wojciechowski przywrócił go do służby czynnej i powierzył stanowisko dowódcy Floty w Gdyni.
21 grudnia 1932 prezydent RP Ignacy Mościcki nadał mu stopień kontradmirała ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1933 w korpusie oficerów Marynarki WojennejDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych z 22 grudnia 1932 r., Nr 14, s. 467..
II wojna światowa i niewola
21 sierpnia 1939 przeniósł Dowództwo Floty na Hel. Po ogłoszeniu mobilizacji 24 sierpnia został dowódcą Obrony Wybrzeża, bezpośrednio podległym Naczelnemu Wodzowi marszałkowi Polski Edwardowi Śmigłemu-Rydzowi. Pomimo iż od pierwszych chwil II wojny światowej dowodzone przez niego wybrzeże zostało odcięte od pozostałej części kraju, poddało się jako jeden z ostatnich punktów oporu. 1 października, w związku z zepchnięciem resztek odciętych sił na Półwysep Helski i brakiem sensu dalszej obrony, podjął decyzję o kapitulacji. Kontradmirał Unrug wraz z pozostałymi marynarzami i żołnierzami zostali wzięci do niewoli niemieckiej. Przebywał w oflagach: X B Nienburg, VIII B Silberberg, XVII C Spittal, II C Woldenberg, VII B Sandbostel, IV C Colditz, X C Lubeka, a od 1941 w VII A Murnau. Uwolniony został w 1945. thumb|Józef Unrug na morzu thumb|Oficerowie polscy w niewoli niemieckiej. Oflag Colditz.