Ostatnie lata Po opuszczeniu obozów jenieckich przebywał w Wielkiej Brytanii, gdzie brał udział w likwidacji Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie. Został I zastępcą szefa Kierownictwa Marynarki Wojennej. 2 września 1946 został awansowany na wiceadmirała. Nie powrócił do kraju i przebywał na emigracji w Wielkiej Brytanii do 1948, po czym wyjechał do Maroka, gdzie pracował fizycznie przy kutrach, w magazynie oraz przy ładunkach. Od 1955 mieszkał w Lailly-en-Val koło Beaugency we Francji, pracując jako kierowca ciężarówki, wożący żywność z pobliskiego miasteczka. Zmarł w wieku 88 lat w Domu Spokojnej Starości Polskiego Funduszu Humanitarnego, w Lailly-en-Val. Pochowany został 5 marca 1973 w kaplicy zamku Montrésor nad Loarą.
3 maja 2024 odsłonięto jego tablicę w Alei Żeglarstwa Polskiego w Gdyni.
Ekshumacja i pogrzeb w Polsce thumb|Trumna z ciałem admirała na lawecie, chwilę przed wymarszem konduktu spod kościoła garnizonowego Marynarki Wojennej, 2 października 2018 thumb|Kondukt koło kościoła św. Michała Archanioła w Gdyni Oksywiu 21 września 2018 prezydent RP Andrzej Duda, na wniosek ministra obrony narodowej, mianował pośmiertnie wiceadmirała Józefa Unruga na stopień admirała floty.