Kongresówki i w dawnym zaborze austriackim.
Okres okupacji hitlerowskiej i sowieckiej W okresie okupacji na terenie Generalnego Gubernatorstwa baptyści wraz z reprezentantami kilku innych wspólnot ewangelikalnych byli skupieni w zarejestrowanym 29 kwietnia 1942 Związku Nieniemieckich Ewangelicko-Wolnokościelnych Zborów. Na czele tego Związku stał prezbiter Aleksander Kircun.
Wojna przyniosła baptystom w Polsce olbrzymie straty. Wielu wiernych zginęło w trakcie działań okupacyjnych i wojennych, a po wojnie część wiernych znalazła się bądź na Kresach Wschodnich bądź emigrowała do Niemiec. Na terenach, z których niemieccy baptyści emigrowali do Niemiec, wiele obiektów sakralnych zostało przejętych przez państwo jako opuszczone mienie poniemieckie.
W obozach koncentracyjnych zginęło kilku kaznodziejów baptystycznych. Byli to: Karol Elsner, Eugeniusz Elsner, Aszemberg, Jan Zinczuk i Jan Hajdukiewicz. Wielu innych przeszło przez obóz, więzienia, wielu rozstrzelano.