Iwan Sierow, szef NKWD na Polskę w raporcie do Berii donosił, że NKWD nie kontroluje i nie uznaje za swego Moczara – Piotr Osęka: „Mietek” z parczewskiego lasu, „Gazeta Wyborcza” z 5 stycznia 2016..
Od 1941 współtworzył w Łodzi wraz z Ignacym Logą-Sowińskim konspiracyjną organizację Front Walki o Naszą i Waszą Wolność, która po powstaniu Polskiej Partii Robotniczej weszła w jej składTragedia Komunistycznej Partii Polski pod red. Jaremy Maciszewskiego, Książka i Wiedza 1989, s. 192, .. Od czerwca 1942 dowódca Obwodu Łódzkiego Gwardii Ludowej. Od maja 1943 dowódca Okręgu Lubelskiego GL (następnie Armia Ludowa)Józef Garas: Oddziały Gwardii Ludowej i Armii Ludowej 1942–1945, Wydawnictwo MON 1971, s. 443, 448..
W czerwcu 1944 przesunięty do dowodzenia okręgiem kieleckim w związku z jego konfliktem z bezpośrednio podporządkowanym Moskwie Leonem Kasmanem, który dowodził oddziałem partyzanckim na Lubelszczyźnie. Kasman odmówił podporządkowania się Komitetowi Centralnemu PPR i przekazania broni oddziałom AL, dowodzonym przez Moczara. Moczar proponował Władysławowi Gomułce siłowe rozwiązanie sporu, jednak Gomułka nie chciał iść na konflikt z MoskwąAndrzej Werblan: Władysław Gomułka. Sekretarz Generalny PPR, Książka i Wiedza 1988, , s. 195–200..