Dzięki wydarzeniom z końca 1960 roku Rakowski przestał być postrzegany jako przedstawiciel aparatu państwowego, który odpowiadał za kontrolę tygodnikiem.
W 1962 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie 9 września spotkał się z prezydentem Johnen Fitzgeraldem Kennedym. W latach 60. nawiązał kontakty z korespondentami mediów zagranicznych w Polsce oraz dziennikarzami zachodnimi. Relacje te były krytykowane przez władze komunistyczne w Polsce. Utrzymywał kontakty z przedstawicielami władz Republiki Federalnej Niemiec, jednocześnie popierając (zgodnie ze stanowiskiem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej) pociągnięcia do odpowiedzialności niemieckich zbrodniarzy nazistowskich oraz uznania przez Bonn granicy na Odrze i Nysie Łużyckiej.
Na przełomie 1962 i 1963 roku Rakowski skonfliktował się z partyzantami Mieczysława Moczara. Przyczyną konfliktu było opublikowanie na łamach „Polityki” krytyki książki Siedem polskich grzechów głównych płk. Zbigniewa Załuskiego. Przed wybuchem konfliktu Rakowski bezskutecznie był namawiany przez Artura Bodnara do pojęcia współpracy z frakcją Moczara. W drugiej połowie 1963 roku, chcąc poprawić relacje z ludowym Wojskiem Polskim, ograniczył publikowanie artykułów atakujących wojsko, w pozytywnym świetle przedstawił płk.