Szybko stał się podstawowym zawodnikiem Arsenalu i w czasie ponad trzech lat zagrał w tym klubie 143 razy, strzelając 62 bramki.
Manchester City 14 lipca 2009 roku Arsenal zaakceptował ofertę kupna Adebayora za 25 milionów funtów Manchesteru City i następnego dnia otrzymał on pozwolenie na pracę. Piłkarz chciał zarabiać 170 tysięcy funtów tygodniowo, klub jednak nie zgadzał się na te żądania i Adebayor był już łączony z Manchesterem United. 18 lipca podpisał on jednak kontrakt z Manchesterem City, wcześniej zainteresowani nim byli Chelsea i A.C. Milan. W nowym klubie zadebiutował 15 sierpnia w ligowym meczu z Blackburn Rovers, w którym zdobył także bramkę. W następnych trzech ligowych meczach zdobył trzy bramki. We wrześniowym spotkaniu z Arsenalem kopnął Robina van Persie w twarz oraz cieszył się z bramki przed kibicami przeciwnika. Został za to ukarany zakazem gry w następnych trzech spotkaniach. 1 października, po staraniach klubu, zawieszenie Adebayora zostało przerwane. Musiał jednak zapłacić 25 tysięcy funtów kary.