Antoni de Burbon-Vendôme, król Nawarry został mianowany natomiast naczelnym generałem Francji.

Początek wojen religijnych thumb|300px|Francja podczas wojen religijnych (w granicach z 1685 roku); ziemie: Już w marcu 1560 miało miejsce we Francji niepokojące wydarzenie, które zapowiadało wojny religijne – tumult w Amboise, w którym grupa hugenotów próbowała przeprowadzić zamach na Franciszka Gwizjusza ostro opowiadającego się przy utrzymaniu katolicyzmu jako jedynej religii panującej. Spisek wykryto, a jego inicjatorów stracono. Celem polityki Katarzyny w tamtym czasie stało się zaspokojenie jątrzącego się konfliktu między francuskimi protestantami a katolikami. Stany Generalne w większości popierały szukanie kompromisu, silnej walki z herezją żądał oczywiście kler. Z inicjatywy Katarzyny w 1561 roku odbyło się kolokwium hugenotów i katolików w Poissy, ale w rozmowach nie osiągnięto żadnych porozumień. Regentce oraz królowi Karolowi spodobał się jednak wysłannik Kalwina, Teodor Beza, a bliskim doradcą dworu stał się Gaspard de Coligny, francuski admirał i hugenota.