Pod koniec XIX wieku zbudowano pałac, który stoi do dziś. Po znalezieniu się w państwie Pruskim Zegartowice znalazły się w powiecie chełmińskim. W czasach zaborów istniała szkoła, która w 1867 roku liczyła 18 uczniów (byli to tylko dzieci katolickie), a w 1904 już 70 uczniów. W 1928 roku w szkole było: 25 dzieci katolickich, 1 nauczyciel, jedną klasę, 8 dzieci ewangelickich. W okresie międzywojennym sołtysem Zegartowic był Berthold Schwenk.
Współczesność W okresie II wojny światowej, 21 stycznia 1943 roku mieszkaniec wsi Wiktor Skowroński został skazany na pobyt w obozie karnym, za to, że przywłaszczył sobie paczkę zawierającą: ciasto piernikowe, tabliczkę czekolady, 3 jabłka i papier. Zginął w jednym z tych zakładów. W latach 1939–1945 miejscowość położona była w okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie, w rejencji bydgoskiej (Regierungsbezirk Bromberg)Germanizacja nazw miejscowości w Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie. Wybór źródeł, wstęp i oprac. M. Kubicki, Gdańsk-Warszawa 2022, s. 93., w powiecie Chełmno (Kreis Kulm)Germanizacja nazw miejscowości w Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie. Wybór źródeł, wstęp i oprac. M. Kubicki, Gdańsk-Warszawa 2022, s. 103.. W czasieokupacji niemieckiej miejscowość miała posiadać status majątek.