Wieś, z wyjątkiem jej części południowej i południowo-zachodniejObszar położony na południe od ul. Długopolskiej., znajduje się ponadto na terenie Parku Krajobrazowego Dolinki KrakowskieObszar położony na północ od linii ulic: ks. Adama Zięby – Krakowskie Przedmieście – Galicyjska. lub w otulinie tegoż parkuObszar położony pomiędzy ul. Długopolską a linią ulic: ks. Adama Zięby – Krakowskie Przedmieście – Galicyjska..
Pod względem administracyjnym miejscowość Zielonki zlokalizowana jest w województwie małopolskim, w powiecie krakowskim, w południowo-zachodniej części gminy Zielonki, około 6 km w linii prostej na północ od centrum Krakowa. Graniczy z następującymi jednostkami:
miejscowościami Trojanowice i Garlica Murowana (gmina Zielonki) od północy, miejscowością Bibice (gmina Zielonki) od wschodu, Dzielnicą IV Prądnik Biały miasta Kraków od południa, miejscowością Pękowice (gmina Zielonki) od zachodu.
Biorąc pod uwagę powierzchnię wynoszącą 613,93 ha Zielonki są drugą (po Bibicach) największą miejscowością gminy Zielonki, obejmującą 12,64% jej powierzchniMiejscowość Zielonki obejmuje dwa sołectwa: Zielonki i Osiedle Łokietka..