W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość wzmiankowana jako Zimna woda należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Krotoszyn w rejencji poznańskiej. Zimna woda należała do okręgu borkowskiego tego powiatu i stanowiła odrębny majątek, którego właścicielem był wówczas Hieronim Rychłowski. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 238 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 24 dymy (domostwa). Dwór właściciela mieścił się w Zimnowodzie, a do majątku należał prawie cały prawy brzeg Pogony, aż po miasto Zdzież. Chłopi zostali uwłaszczeni w roku 1842. W okresie międzywojennym właściciel folwarku musiał przeprowadzić częściową parcelację, co spowodowało powstanie ośmiu chłopskich gospodarstw w samej Zimnowodzie. Po II wojnie światowej folwark został znacjonalizowany, a na jego miejscu powstało Państwowy Gospodarstwo Rolne. W latach 1975–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa leszczyńskiego.