W rękach Pannwitzów pozostało jeszcze 14 łanów i 4 pręty ziemi w Żelaźnie.
Żelazno w czasach habsburskich Mimo iż Żelazno było dużą i bogatą wsią posiadającą jeden z najstarszych kościołów na terenie Kłodzczyzny, była to tylko filia parafii krosnowickiej. 29 sierpnia 1597 r. majątek po kanonikach przejęli jezuici, którzy zostali sprowadzeni do Kłodzka.
Zmiany w historii wsi przyniosły dopiero wydarzenia wojny trzydziestoletniej. W hrabstwie kłodzkim szerzył się protestantyzm, na który przeszła większość mieszkańców, w tym w Żelaźnie. Klęska wojsk protestanckich na Białej Górze spowodowała, iż byli oni narażeni na represje ze strony zwycięzców. W 1621 r. do hrabstwa wkroczyły wojska cesarskie. Przystąpiono do nakładania kontrybucji i nawracania na katolicyzm. Nie zgadzali się na to chłopi z Żelazna, Ołdrzychowic, Rogówki, Skrzynki, Jaszkowej Dolnej i Górnej, którzy utworzyli związek obronny i wystąpili zbrojnie przeciwko żołnierzom cesarskim. W trakcie walk, które zakończyły się ich porażką, zginęło ok. 200 chłopów.