Poza tym pastwą płomieni padło czterdzieści domów bocznych uliczkach, kościół, plebania, szkoła, a także trzynaście stodół przy drodze do Litwinek. W następnym roku – w trakcie odbudowy miasta – powiększono rynek, rozbierając Bramę Polską i likwidując jedną z przecznic. W 1806 roku wkroczyły do miasta wojska francuskie z marszałkiem Michelem Neyem. W następnym roku w mieście stacjonowały oddziały generała Józefa Zajączka, które wymaszerowały z miasta 10 czerwca 1807 roku w kierunku Królewca. Na zamku nidzickim urządzono lazaret. Wojska francuskie ponownie pojawiły się w mieście w maju 1812 roku i opuściły miasto 18 sierpnia 1813 roku. W 1819 roku zamieszkał w Nidzicy Ferdynand Tymoteusz Gregorovius, dzięki którego inicjatywie około 1830 roku wyremontowano zamek. W 1825 roku w Nidzicy mieszkało 1225 Polaków, co stanowiło 51,6% mieszkańców. W 1831 roku w Nidzicy zachorowało na cholerę 356 osób, z których zmarło 218.