Podczas II wojny światowej hitlerowcy zdewastowali synagogę, a w jej wnętrzach urządzili stajnię dla koni. W 1944 roku została podpalona, przez co runęły sklepienia, popękały ściany oraz porwały się wiązadła łączące dwie wysokie attyki.
Po zakończeniu wojny budynek synagogi stał w stanie kompletnej ruiny i groził zawaleniem. W 1948 roku Zarząd Miejski planował wyburzenie zrujnowanej synagogi, a wykonanie chciał zlecić Państwowemu Urzędowi Odbudowy, który uzyskałby większą ilość cegły.
Na taki stan rzeczy nie chciała się zgodzić Kongregacja Wyznania Mojżeszowego. Proponowała ona wyremontowanie synagogi, rozebranie rozsypującej się attyki oraz całość nakryć nowym dachem. Kongregacja swoje racje argumentowała zabytkowym charakterem budynku oraz tym że posiada bardzo grube, silne mury, które świadczą o obronnym charakterze synagogi.
W latach 1954–1965 synagoga została odbudowana, a na jej dachu nadbudowano dodatkową kondygnację, poprzez co synagoga utraciła swój pierwotny wygląd. W jej wnętrzach umieszczono siedzibę Biura Wystaw Artystycznych, dom pracy twórczej Związku Polskich Artystów Plastyków i Związek Polskich Artystów, Malarzy i Grafików, a obecnie dodatkowo kawiarnię.