Od II wojny światowej 1 października 1939 r. na terenie Babic odbyło się konspiracyjne zebranie tajnej grupy wojskowych w składzie: rtm. Stanisław Krępa – pseudonim „Trojacki”, Mieczysław Jonkisz („Mietek”), Stanisław Matuszczyk i por. Jan Wawrzyczek („Marusza”, „Danuta”), którzy zorganizowali terenową organizację Związku Walki Zbrojnej (ZWZ).
W czasie okupacji (kwiecień 1941) Niemcy wysiedlili mieszkańców Babic wyburzając większą część zagród, a na terenie wsi utworzyli gospodarstwo rolne „majątek dworski”, w którym pracowali więźniowie z pobliskiego obozu w Oświęcimiu. W 1943 r. władze okupacyjne założyły w Babicach podobóz „Wirtschaftshof Babitz”. W budynku szkolnym umieszczono więźniarki, a więźniów w oddzielnie wybudowanym baraku. Podobóz otoczony był drutami kolczastymi i podlegał Auschwitz II – Birkenau. Jego mieszkańcy pracowali przy obsłudze koni, pracach polowych i ziemnych, budowali drogi itp. Natomiast kobiety przy hodowli krów, buhajów, kompostowaniu, nawożeniu pól i lżejszych pracach polowych (chociaż widziano jak więźniarki były wykorzystywane jako siła pociągowa do orania pól pługiem). Likwidacja podobozu nastąpiła po ewakuacji więźniów 17 stycznia 1945 r.