W sporze pomiędzy mnichami a biskupami Innocenty opowiedział się po stronie mnichów.
Papież unieważnił wybór Reginalda jako niekanoniczny. Jednak unieważnił też wybór de Greya, argumentując, że został on dokonany zanim Stolica Apostolska oficjalnie nie stwierdziła nieważności wyboru Reginalda. W odwołaniu de Greya nie przeszkodziła papieżowi interwencja króla Anglii, który oferował w zamian za jego uznanie 3000 marek. Mnichów poproszono o ponowny wybór, a Innocenty wskazał na Stephena Langtona, rektora uniwersytetu w Paryżu, Anglika, którego papież uczynił kardynałem. Langton został arcybiskupem 17 czerwca Innocenty poinformował króla Jana o tym fakcie. Jan odmówił uznania wyborów i zapowiedział, że nie wpuści Langtona do swojego kraju. Ponadto zemścił się na mnichach, wypędzając ich z klasztoru i zajmując ich dobra. W odpowiedzi Innocenty nałożył na królestwo interdykt (24 marca 1208). Gdy król nie przestał prześladować mnichów został ekskomunikowany w 1209 i oficjalnie pozbawiony przez Innocentego korony w 1212. Na wykonawcę swych decyzji papież wyznaczył króla francuskiego Filipa.