Krótko po powrocie do Rzymu Grzegorz XI zmarł, a na jego miejsce konklawe wybrało Bartolomea Prignano, arcybiskupa Bari, który przybrał imię Urbana VI. Nowy papież szybko zraził do siebie wielu kardynałów, kilku kazał nawet ściąć. Wobec tego kardynałowie francuscy uznali wybór Urbana VI za nieważny i zebrani na kolejnym w tym roku konklawe wybrali na papieża Roberta z Genewy, który po wyborze przybrał imię Klemensa VII. Ponieważ nowy papież nie uzyskał powszechnego poparcia i nie zdołał osiąść w Rzymie, jego los wydawał się przesądzony. Jednak Karol, mimo rad teologów z paryskiej Sorbony, odradzających poparcia dla antypapieża i tym samym rozpoczęcia schizmy, uznał Klemensa VII za prawowitego papieża i udzielił mu schronienia w Awinionie. Wkrótce cała Europa podzieliła się na zwolenników obediencji rzymskiej i awiniońskiej, autorytet papiestwa podupadł, a kościół zachodni na kilkadziesiąt lat pogrążył się w wielkim kryzysie. Decyzja o poparciu dla Klemensa VII do dziś kładzie się największym cieniem na panowaniu Karola V. thumb|200px|Rzeźba nagrobna Karola Mądrego