W 1541 Piotr Kmita zapisuje swej żonie Barbarze z Felsztyna 5000 zł na dobrach Bóbrki i innych.
Nie ominęły Bóbrki najazdy Tatarów w 1624, Szwedów w 1655, czy Węgrów w 1657. W 1672 podczas ostatniego już najazdu czambułów tatarskich Nuradyn-Soltana, we wsi ocalały tylko 3 domy. Tatarzy ograbili i spalili wieś, a mieszkańców uprowadzili do niewoli. Wioska była wówczas własnością Zielińskiego.
Miejscowość Bóbrka należała m.in. do Kmitów i Skotnickich, Sokołowskich.
W 1876 majątek ziemski w Bóbrce otrzymał jako wiano (biorąc ślub z Pelagią z Sokołowskich) i zamieszkał tu Józef Franciszek Bliziński. W 1883 i 1884 r. Blizińscy gościli Oskara Kolberga. W połowie 1888 r. z powodu problemów finansowych i gospodarczych małżeństwo wydzierżawiło Bóbrkę, przenosząc się do Krakowa. Dwór Blizińskich obecnie jest zalany wodami zalewu Myczkowskiego.
Wieś zasłynęła również przez wydarzenia, jakie rozegrały się w 1932, kiedy to chłopi stanęli w obronie kapliczki upamiętniającej zniesienie pańszczyzny. Kapliczka stoi do dziś. 26 maja 1945 UPA powiesiła sołtysa Stefana Derenia – Polaka, a kilka dni później Władysława Tokarskiego.