W 1564 na gruntach sołeckich powstał folwark. Utworzono go na 1,5 łana sołectwa i 0,5 łana opuszczonego. W 1588 synowie Mikołaja pełniącego funkcję sołtysa w Bukownicy skarżyli się, że za czasów biskupa Andrzeja Czarnkowskiego rządca klucza krobiańskiego zabrał im sołectwo w Bukownicy wraz z przywilejami, nie dawszy w zamian ani grosza, a sołectwo zostało obrócone na folwark.
Wieś duchowna, własność biskupstwa poznańskiego, pod koniec XVI wieku leżała w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s. 245..
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość należała do wsi mniejszych w ówczesnym pruskim powiecie Kröben (krobskim) w rejencji poznańskiej. Bukownica należała do okręgu ekonomii Krobia tego powiatu i stanowiła część majątku Chumiętki, którego właścicielem był wówczas rząd pruski w Berlinie.