nazwiska 3607 członków jednostki zostały upublicznione przez Archiwa Narodowe Japonii.
Wydziały Jednostka 731 była podzielona na osiem wydziałów: Wydział 1: odpowiadał za badania nad wykorzystaniem dżumy, cholery, wąglika, tyfusu i gruźlicy; ich działanie było testowane na żywych ludziach. W tym celu zbudowano podlegające mu więzienie, mogące pomieścić od 300 do 400 osób. Wydział 2: odpowiadał za badania związane z polowym wykorzystaniem broni biologicznej, zwłaszcza za produkcję urządzeń przeznaczonych do rozsiewania zarazków. Wydział 3: odpowiadał za produkcję pocisków zawierających środki biologiczne. Mieścił się w Harbinie. Wydział 4: odpowiadał za produkcję pozostałych środków bojowych. Wydział 5: odpowiadał za szkolenie personelu. Wydziały od 6 do 8: jednostki odpowiadające za wyposażenie, sprawy medyczne i administracyjne.
Pozostałe oddziały badawcze Oprócz Jednostki 731 istniały inne instytucje „badawcze”. Pozostałe główne placówki na Dalekim Wschodzie były rozlokowane m.in. w: oddział 543 (Hailar), oddział 100 (Changchun), oddział 1644 (Nankin), oddział 1855 (Pekin), oddział 8604 (Guangzhou).