Przyłączył też do Francji szereg innych terytoriów, m.in. Dalmację nad Morzem Adriatyckim, utworzył królestwa Neapolu i Holandii, gdzie mianował królami swych braci. Dużą zmianą było scalenie licznych zachodnich państw niemieckich w Związek Reński. W ten sposób zaistniały 3 duże organizmy państwowe niemieckie: Prusy, Austria i Związek Reński, a likwidacji uległa Rzesza Niemiecka, to jest historyczne Święte Cesarstwo Rzymskie.
thumb|Po pokonaniu sił pruskich pod Jeną, armia francuska wkracza do Berlina, 27 października 1806
Prusy, niezadowolone z utworzenia Związku Reńskiego, wystosowały w tej sprawie ultimatum do cesarza Francuzów. W odpowiedzi wkroczył on ze swymi armiami do Prus i po dwóch tygodniach, 14 października 1806, Francuzi rozgromili wojska pruskie w dwóch bitwach pod Jeną i Auerstedt. Następnie zajęli Berlin i prawie całe terytorium Prus po Warszawę. Wojska pruskie, przy pomocy Rosjan, broniły się jeszcze tylko na części Pomorza. Po nierozstrzygniętej krwawej bitwie z Rosjanami pod Pruską Iławą, zajęciu Tczewa i Słupska przez Polaków, kapitulacji oblężonego Gdańska i klęsce wojsk rosyjskich 14 czerwca 1807 pod Frydlandem, Rosja poprosiła o pokój. Jeszcze w tym samym roku tj. 1807, wojska Napoleona próbowały zdobyć największą w Europie twierdzę srebrnogórską, którą wojska Fryderyka III skutecznie obroniły.