Posłał więc swe wojska przez terytorium przyjaznej Hiszpanii i w listopadzie 1807 roku Portugalia została podbita, zaś Hiszpania znalazła się pod nieformalną okupacją armii francuskiej.
Zamach stanu przeprowadzony przez arystokrację zmusił Karola IV do abdykacji na rzecz własnego syna Ferdynanda. Napoleon wywiózł panujących do Bayonne, gdzie 5 maja zmusił obu do zrzeczenia się tronu, który objął Józef Bonaparte. Marionetkowy parlament w Madrycie zatwierdził nowego króla, ale kiedy Józef zamierzał wyegzekwować swe prawa, w stolicy, a później w całym kraju, wybuchła niekontrolowana rewolta. Napoleon przy pomocy dodatkowych sił utrzymał wprawdzie w swym władaniu cały Półwysep Iberyjski, lecz w Hiszpanii rozpalała się wojna partyzancka i angażowała znaczne siły francuskie. Od roku 1808 w Portugalii i Hiszpanii operował brytyjski korpus ekspedycyjny pod dowództwem Wellingtona. Po kapitulacji armii francuskiej pod Bailen Józef Bonaparte uciekł z Madrytu i na tron wprowadziła go dopiero interwencja Wielkiej Armii pod osobistym dowództwem Napoleona. Drogę do Madrytu otworzyła wygrana 30 listopada 1808 bitwa pod Somosierrą, w której decydującą była szarża polskich szwoleżerów Gwardii Cesarskiej. Przez następne z górą pięć lat w Hiszpanii toczyła się kombinowana wojna sił regularnych i partyzanckich, którą cechowało bezwzględność i okrucieństwo stron walczących.
V koalicja thumb|Napoleon pod Wagram, 5–6 lipca 1809